海运与港航建筑工程学院组建于2012年12月，是学校为更好地对接海洋经济大发展、服务浙江海洋经济发展示范区和浙江舟山群岛新区建设而调整组建的一个二级学院。

学院下设航海技术系、轮机工程系、港口航道与海岸工程系、土木工程系、建筑环境与能源应用工程系等5个系，现有教职工59人，其中高级职称17人，硕士生导师10人，博士学位10人，同时聘用了一批具有高级职称的专家和具有丰富实践经验的"双师型"教师。开设航海技术、轮机工程、港口航道与海岸工程、土木工程、建筑环境与能源应用工程等5个本科专业，拥有设施农业领域农业推广专业硕士学位点。目前，全日制在校学生1260余人。

学院坚持育人为本、德育为先的人才培养理念。学院在抓好专业教学质量的同时，积极组织学生参加学科竞赛和课外科技学术活动，培养学生创新性学习能力；积极组织学生参加各类职业资格证书考试，提高职场竞争力；对航海类学生实行半军事化管理，培养“纪律严明、作风正派、素质过硬”的航运人才。毕业生专业基础扎实、动手能力强，深受用人单位欢迎。

学院具有良好的科研基础和条件，建有海洋水利工程和交通运输工程2个一级学科，拥有航海技术、轮机工程、港口航道与海岸工程、土木工程、建筑环境与能源应用工程等5个专业实验室和一批校内外教学科研实践基地，为本科教学、研究生教学和科学研究创造了良好的条件。

学院长期开展社会服务和船员培训工作，目前已实施的项目有：海船船员基本安全；精通救生艇筏和救助艇；高级消防；精通急救；船上医护；值班水手；值班机工；GMDSS操作员培训；船长；驾驶员；轮机长；轮机员；基本安全过渡期培训驾驶专业人员过渡期适任培训，轮机专业人员过渡期适任培训等，年培训社会船员3000余人次，为地方海洋经济建设作出了积极的贡献。

学院积极开展国际交流与合作，先后与美国、挪威、新加坡等国（境）外高校和科研机构建立了良好的交流合作关系。今后，学院将秉承“海纳百川，自强不息”的校训精神，开拓创新，不断进取，进一步提升专业学科建设水平和社会服务能力，实现学院的跨越式发展。